Banca de QUALIFICAÇÃO: LUCAS ROLIM MEDAGLIA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : LUCAS ROLIM MEDAGLIA
DATA : 08/04/2026
HORA: 13:30
LOCAL: remoto
TÍTULO:

ESTUDOS DE DINÂMICA MOLECULAR APLICADA À INTERAÇÃO DE NAFTOQUINONAS FRENTE À PROTEASE PRINCIPAL DO SARS-COV-2 E DESENVOLVIMENTO DO NIMBLE PROCESS CONSENSUS DOCKING

PALAVRAS-CHAVES:
PÁGINAS: 58
RESUMO:

Este trabalho foi realizado em duas etapas: O desenvolvimento do programa NPC e
estudos de dinâmica molecular da interação de naftoquinonas com a Mpro do
SARS-CoV-2. Foi desenvolvido o programa Nimble Process Consensus Docking
(NPC), implementado em Python com abordagem modular e orientada a objetos, com
o objetivo de facilitar simulações de triagem virtual de ancoragem molecular por
consenso. O programa foi estruturado para automatizar etapas de preparação,
execução e organização dos resultados, permitindo sua aplicação em diferentes alvos
moleculares. A protease principal do SARS-CoV-2 (Mpro) é um alvo terapêutico
relevante devido ao seu papel essencial na replicação viral. Complexos
proteína–ligante previamente obtidos por triagem virtual foram avaliados por
simulações de dinâmica molecular, utilizando o inibidor cristalográfico X77 como
referência estrutural. As trajetórias foram analisadas por meio de RMSD, RMSF, raio
de giro, área de superfície acessível ao solvente e monitoramento de distâncias entre
os ligantes e resíduos do sítio ativo. Os resultados indicaram que, enquanto o X77
permaneceu estável no sítio de ligação durante toda a simulação, os ligantes
avaliados apresentaram diferentes graus de instabilidade. O ligante N127 apresentou
dissociação precoce, o ligante N137 exibiu ancoragem parcial seguida de dissociação
e o ligante N128 apresentou comportamento intermediário, com saída e
reaproximação. As análises estruturais da proteína indicaram maior variabilidade
conformacional nos sistemas em que ocorreu dissociação dos ligantes. A avaliação
das distâncias entre a Cys145 e os carbonos β dos sistemas α,β-insaturados não
indicou proximidade compatível com adição do tipo Michael. Em conjunto, os
resultados mostram que, apesar dos dados favoráveis de triagem virtual, os derivados
naftoquinônicos avaliados não apresentaram estabilidade no sítio ativo da Mpro. Como
perspectivas futuras, propõe-se a avaliação de novas naftoquinonas do mesmo grupo
e a aplicação de métodos híbridos QM/MM, para investigar a etapa covalente da
interação de outras naftoquinonas

MEMBROS DA BANCA:
Interna - 2254152 - MAIRA NICOLAU DE ALMEIDA
Externo à Instituição - MOACYR COMAR JUNIOR - UFU
Externo ao Programa - 1689019 - RAFAEL CESAR RUSSO CHAGAS